遗传因素：
部分患儿与遗传因素有关。遗传因素对孤独症的作用已经趋于明确，有2%至6%的患本病的儿童同胞也患有该病，而单卵双胞胎中同病率高达36%。
家庭因素：
一些专业技术人员和接受过高等教育的父母，他们智商较高，但行事方式刻板，有强迫倾向，对孩子冷淡且固执，家庭缺乏温暖。
脑器质性损害：
如产伤、宫内窒息、感染、中毒等，15%至50%的患儿伴有癫痫发作，脑电图异常，脑CT和磁共振显示非特异性改变。有的孩子还伴有神经系统体征和身体畸形。先天性风疹病毒感染和巨细胞病毒感染可能与自闭症发病有关。
环境因素：
早年生活环境中缺乏丰富和适当的刺激，没有教导社会行为。或者，处于单调环境中长时间的儿童会通过反复的动作自我刺激，对外界环境不产生兴趣。