现在病原微生物的检测方法丰富多彩。我们常规检测的病原可以直接使用显微镜检测，例如细菌和真菌，但是在临床工作中不适用于病毒的检测。另一种常规检测方法是培养法，适用于细菌和真菌的检测，但是对于病毒而言，由于培养对实验室条件要求较高，且无法满足快速诊断的需求，所以目前在病毒诊断中的应用较少，多用于科研实验室。
另外还有其他方法，比如针对病原微生物的抗原检测和针对人体对病原微生物免疫反应的抗体检测。然而，最重要的方法也是今天需要着重强调的分子生物学检测方法。对于现在的感染性疾病而言，如果医院想要提高病原微生物的诊断水平，满足临床需求，分子生物学检测将不可或缺。
对于检测样本采集，有哪些注意事项？
流感病毒和一些非典型病原体（如肺炎衣原体或鹦鹉热衣原体等），以及病毒不能独立存活和繁殖，多存在于粘膜上的皮细胞内。因此，在采样时我们需要注意，不仅仅是轻描淡写地在相应部位采集样本，而是建议稍微用力采集到呼吸道上的皮细胞。脱落的上皮细胞可见于所有呼吸道分泌物中。强调使用分子生物学方法的检测，最主要的一点是其高灵敏度，即使在原始样本中病原微生物数量很少，也可以被检测出来。此外，还需要注意，有些病原微生物在健康人群中很少存在定植。一般来说，健康人群很少定植甲流和乙流病毒，因此一旦在就诊人群中检测出这些病原微生物，并且患者有相关症状，即可确诊。而其他的呼吸道病毒，如鼻病毒或呼吸道合胞病毒，在健康人群中有少量定植，特别是在儿童中。因此，需要根据半定量结果，结合患者的症状和免疫状况进行综合判断。
临床症状的严重程度与病毒数量有关，这也解释了为什么建议在报告中不仅仅提供一个阴性或阳性结果，而是建议报告一个半定量结果，或者随着技术的进步，可以报告一个定量结果（如使用数字PCR技术），来表示样本中病毒的含量。对于微生物实验室或分子生物学实验室的工作人员来说，由于采集呼吸道样本时很难准确量化，可以在报告中提供一个CT值，即在荧光定量PCR中，扩增曲线开始上升的循环数。CT值越小，说明原始样本中病毒数量越多。病毒数量与病情相关，最初的2-3天达到高峰。然而，有些分子生物学方法，如恒温扩增和扩增产物电泳法检测，无法提供定量或半定量结果。
流感病毒的实验室检测样本可以包括鼻腔分泌物、鼻腔冲洗液、鼻咽拭子、咽拭子和咽冲洗液。
一般来说，咽部样本中的病毒数量稍低。由于分子生物学方法的高灵敏度，因此适用的样本种类比较广泛。相比之下，抗原检测的灵敏度较低，因此在不是在病毒数量高峰时采样或只采集咽拭子而不是鼻咽部拭子时，阳性率可能会降低。特别是在医生、护士或其他相关医疗人员没有严格按照操作规范在咽部转动3-5周并施加适度力量的情况下，可能导致无法检测出实际感染的患者。
下呼吸道样本，包括痰液、气管吸出物和Balf（肺泡灌洗液），都可以检测到病毒。如果怀疑肺炎，从口咽部到下呼吸道采样也可以反映出感染情况。一旦检测到病毒存在，就强烈指示患者存在相关部位的感染。
由于甲流、乙流以及呼吸道合胞病毒与腺病毒、巨细胞病毒和EB病毒等不同，它们是RNA病毒，容易被环境中的RNA酶降解。因此，建议将样本保存在特定的保存液中送检，这种保存液中含有抑制RNA酶的成分，可以减少RNA降解，提高阳性检出率。