“治病必求其本”是中医辨证施治的基本原则，也是推拿治病的根本原则。求本，是指治病要了解疾病的本质，了解疾病的主要矛盾。在推拿临床具体而言，疾病病理变化过程中的主要矛盾和次要矛盾，主要矛盾是本；病变部位和症状表现部位，病变部位是本。例如，腰椎间盘纤维环破裂症是椎间盘纤维环破裂后压迫神经根或脊髓，引起腰痛和下肢放射痛，腰部神经根或脊髓受压则是本，治本就要首先解除神经根或脊髓的受压。如果不解除受压，只在下肢使用手法，舍本求末，徒劳无效。有些疾病，虽然推拿的作用不能及本，只能治标，但不了解本，治标也是盲目的。例如骨折发生疼痛肿胀，在对位固定后，动静结合，适当施以推拿手法，可帮助消肿止痛，恢复功能，但在未明确疼痛肿胀是由骨折造成的情况下，草率推拿会贻误病情，加重损伤。所以，尽管推拿作为一种治疗方法，有其局限性，治病中还必须遵循“治病必求其本”的根本原则。
选择穴位和部位。伤外科疾患一般以痛为主，局部取穴。因为肌肉、韧带和关节的病变，其症状表现部位大多即是病变部位的区域。但如果急性损伤导致局部疼痛肿胀剧烈，应该首先选择邻近的穴位和部位进行手法操作，待病情稍有缓解后再在局部操作。对于内妇科疾患，需要重视循经取穴和随症取穴，并可以根据内脏传入神经与体躯传入神经的相互关联，在体表部位选择手法刺激点。对于小儿推拿取穴，根据伤外科疾病和内科疾病的不同范围选择部位的深浅以及不同的疾病确定。一般情况下，如果患者体质强，操作部位在腰臀四肢，病变部位在深层，运动器官的陈旧性损伤等情况，手法刺激量较大。如果患者体质弱，患者为小儿，操作部位在头面胸腹，病变部位在浅层，运动器官的急性损伤及内妇科疾患，手法刺激量较小。
在推拿临床中，还需要注意以下事项：
- 由结核菌、化脓菌引起的运动器官病症不适宜进行推拿。
- 一般情况下，不推拿癌症患者。
- 不适宜在皮肤病病变损害处、皮开肉绽以及烫伤处进行推拿。
- 不适宜对正在出血的部位进行推拿。
- 脱位处主要采用整复手法。
- 在妇女怀孕期和月经期，不宜使用推拿手法于腹部和腰骶部。
- 在患者饥饿或剧烈运动后，推拿时需防止晕倒。