药物流产不能保证一定可以流产干净。如果药物流产第三天口服米索前列醇后排出完整组织物，阴道出血不多，可以考虑先观察，1-2周复查超声和HCG。如果复查后没有问题，才可以认为药物流产干净。
药物流产建议是在核对孕周之后，孕5-7周内进行。具体过程包括，首先做阴道B超检查，确定是在宫内怀孕，并且宫内怀孕的天数在五周到九周之间，都可以做药物流产，然后化验血常规及白带常规合格后，才可以行药物流产。药物流产需要在三天内连续口服米非司酮。早晨吃两粒，晚上吃一粒，并且要空腹用冷开水口服。在服用米非司酮的过程中，临床上观察到约1%-2%的病人会排出妊娠产物。
第三天早晨8点钟空腹去医院口服米索前列醇3天，服药后2个小时到6个小时，阴道会排出妊娠产物。如果在等待排除妊娠产物期间，出现阴道流血超过150ml，需要急诊清宫。药流需要在妊娠月份小于九周的患者进行，如果妊娠囊太大，在使用米非司酮和米索前列醇进行药物流产时，很可能会出现未完全流产的情况，需要再次进行清宫。
其次，药物流产并不是百分之百成功的，所以要做好心理准备。而且药物流产的过程中需要有家属陪同，以防止发生大出血意外。药物流产后，建议患者在7-15天内进行妇科经阴道彩超复查，以确保流产干净。在一个月内应避免性生活。