洗手液中的抗菌化学物质对人体有害，如果不彻底清洗双手，这些有害物质可能进入人体，对健康造成影响。
近年来，洗手液由于其方便卫生的特点逐渐取代了香皂。然而，研究显示，一些洗手液含有对人体有害的抗菌化学物质，例如三氯生，它会对人体甲状腺造成伤害，并可能导致皮肤上的细菌“产生耐药性”。此外，洗手液还可能含有邻苯二甲酸酯和聚乙二醇等物质，这些物质可能对生殖健康产生影响，甚至可能致癌。因此，使用洗手液后必须要进行充分冲洗。
使用洗手液时，揉搓双手的时间最好在30秒以上，并用流水冲洗至少15秒，直到双手有涩感为止。如果有条件，可以冲洗长达1分钟。有些洗手液冲洗后仍然会让双手感觉滑溜溜的，很难判断是否冲洗干净。此时，可以将双手掌心相对，用力搓揉几次，如果手上还有细微的白色泡沫，说明仍有残留的洗手液。
许多人担心洗手不干净，因此会挤出大量的洗手液，并用力揉搓。然而，哈尔滨医科大学附属第四医院皮肤科主任张丽华教授提醒说，这样做容易损伤皮肤，不仅无法保持水分，还会让病菌更容易侵入。每次仅需要使用一小滴洗手液即可，如果无法控制用量，可以在压嘴下方绑上几圈皮筋，这样就不会将压嘴压到最底端，节省用量。此外，尽管许多洗手液中都添加了护肤成分，但频繁洗手仍可能导致手部皮肤干燥。因此，在洗手后最好涂抹保湿滋润的护手霜。
需要提醒的是，大多数洗手液只依靠酒精进行杀菌作用，但酒精无法有效去除附着在皮肤细小缝隙中的污物，如灰尘、泥土和血渍等。因此，一旦双手沾染此类污物，最好先用肥皂清洗去污，然后再使用洗手液进行杀菌和滋润。